Cerita dimulai dengan Hanabi, seorang gadis kelas enam. Dia di tuduh isu-isu seperti berciuman dengan guru wali kelas, dan mengkhawatirkan mengalami perubahan fisiologis dengan teman-temannya.
12 Sai : Chicchana Mune no Tokimeki menceritakan seorang gadis berusia 12 tahun itu tidak bersalah dan masalah cinta pertama.